همسانه سازی و تعیین توالی rna2 جدایه های ایرانی ویروس برگ بادبزنی مو

بیماری برگ بادبزنی مو توسط grapevine fanleaf virus (gflv) ایجاد شده و قدیمی ترین و مخرب ترین بیماری ویروسی شناخته شده در مو است. به رغم گذشت بیش از هفت دهه از شناسایی این ویروس همچنان بسیاری از جنبه های آن ناشناخته باقی مانده است. از اینرو برای بررسی فیلوژنی، تغییرات ژنتیکی و اثرات آن در خصوصیات بیولوژیکی ویروس، تعداد 257 نمونه با علایم مشکوک به آلودگی با gflv از تاکستان های قدیمی جمع آوری شدند. در ادامه براساس الگوی برش آنزیمی محصولات rt-pcr انجام شده برروی نمونه های الیزا مثبت، چهار جدایه برای همسانه سازی و تعیین توالی طول کامل rna2 ویروس انتخاب شد. نتایج تعیین توالی نشان داد که طول rna2 در جدایه های ارومیه و شیرامین 3730 نوکلئوتید و در جدایه های تاکستان و بناب 3749 نوکلئوتید بدون در نظر گرفتن طول دنباله آدنوزینی بود. دلیل کوتاهی rna2 در این جدایه ها حذف هایی بود که در هر دو ناحیه های ترجمه نشونده 3 و 5 رخ داده است. در درخت فیلوژنی ترسیم شده براساس طول کامل rna2، تمامی جدایه های gflv در سه گروه قرار گرفتند که در آن میان جدایه های ایرانی در یک کلاستر مجزا قرار داشتند. آنالیزهای نوترکیبی نشان داد که جدایه های gflv-nw، gflv-f13، شیرامین و arabis mosaic virus –lv جدایه های نوترکیب بوده و دارای جد مشترک هستند. مقایسه توالی نوکلئوتیدی rna2 در چهار جدایه ی ایرانی gflv که دوتای آنها مرتبط با علایم موزاییک زردی و دوتای دیگر مرتبط با علایم رگ نواری بودند نشان داد که rna2ی این جدایه ها بیشترین تفاوت را در ناحیه ی ژن 2ahp بویژه انتهای آمینی آن داشت و احتمالاً در ایجاد علایم نقش دارد ولی شواهد مستقیمی یافت نشد. علاوه براین، انتهای آمینی 2ahp بر خلاف انتهای کربوکسیلی و نیز orf2 تحت فشار انتخابی مثبت بود. از اینرو برای بررسی اثرات جهش های رخ داده در انتهای آمینی 2ahp در تکثیر و بیماریزایی ویروس، همسانه های نوترکیبی برای انتهای آمینی و نیز کل ژن 2ahp ساخته و تکثیر آنها بررسی شد. نتایج نشان داد که تغییرات اعمال شده باعث افزایش در تکثیر rna2 ویروس شده اند. به موازات این بررسی ها برای معرفی یک روش حساس در ارزیابی پایه های مادری، ردیابی 14 نمونه ی الیزا مثبت با استفاده از rt-pcr و با بکارگیری آغازگرهای موجود در منابع و طراحی شده در این پژوهش بررسی شد. نتایج نشان داد که اکثر آغازگرهای موجود در منابع قادر به ردیابی تمامی نمونه های بررسی شده نبودند. در حالیکه آغازگرهای طراحی شده در این پژوهش ویروس را در همه ی نمونه ها ردیابی کردند. کارایی آغازگرهای طراحی شده روی 35 نمونه ی الیزا مثبت جمع آوری شده از سایر استان ها در سال بعد (1388) بررسی و تأیید شد. همچنین روش پیوند سبز روی رقم قره داش (بعنوان میزبان نموده سازی) آلودگی به gflv را تایید کرد. نتایج این پژوهش نشان داد که ترکیب پیوند سبز و rt-pcr با آغازگرهای معرفی شده در این بررسی روشی حساس برای ردیابی gflv است.